Постојниот мониторинг на квалитетот и квантитетот на водите во Македонија е несоодветен за да даде реална слика за состојбата на водните ресурси. Причините за ваквата состојба се непостоењето програми за мониторинг и картографски прикази според барањата на Законот за води, недоволни финансиски и кадровски ресурси, лошата состојба на државните мерни станици и неисполнувањето на обврските за интерен мониторинг.